情報ありがとうございます。
なんかナゾだらけですね。
その後、実際に落合側にある両方向のトンネル入り口を訪ね、
トンネル入り口にある表記を見てきました。
根室本線側は、5668m
石勝線側は、5637m
と記載されていました。

竣工時の写真を見ると、根室本線側はそのままの形で現在もあるようにみえますが、
石勝線側は延長したのか竣工時と形が違います。
完成からすでに４６年もたっているので歴史もいっしょに探らないといけませんね。

これから時間があればいろいろと調べていきたいと思います。
ありがとうございました。

手元にあります鉄道施設協会50周年記念の記事検索システムで見てみると『鉄道土木』昭和40年1月号に延長5,656ｍで設計し、結果的に8.4ｍ短くなったという記述がありました。これはこのページで紹介されている図面の石勝線側の延長に一致しているようです。
また、これとは別に鉄道公団の施工実績で新狩勝トンネルの延長を5,648ｍとしているものもありました。開業実績などを見ると工事線としては新得・占冠間の狩勝線に落合・上落合（・新得）間の落合線が合流するという思想だったようなので、5,656ｍ、5,648ｍは石勝線側の延長と考えていいようです。
5,790ｍの根拠はわかりませんでした。